如何处理员工既参加了家乡合作医疗又拒绝支付

应要求员工选择其一，并处理社保缴纳问题。依据《社会保险法》，单位应为员工缴纳社保，员工拒绝可能导致单位违法，且员工无法享受全面的社保待遇，出现医疗等风险时将无法保障。
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常见处理方式为协商、投诉、诉讼或劳动仲裁。应先尝试与员工协商，协商无果则向社保局投诉，投诉不解再提起诉讼或劳动仲裁，根据具体情况选择最适合的方式。
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需处理员工社保问题。操作：1.与员工沟通，说明社保重要性，劝其放弃合作医疗，选择单位社保；2.若员工坚持，则明确告知单位将按法规处理，可能涉及其个人利益；3.如员工仍拒绝，向社保局咨询并备案，准备必要时的法律途径解决。